A Associação Ateísta Portuguesa propõe-se e constituem seus objectivos:
- Fazer conhecer o ateísmo como mundividência ética, filosófica e socialmente válida;
- A representação dos legítimos interesses dos ateus, agnósticos e outras pessoas sem religião no exercício da cidadania democrática;
- A promoção e a defesa da laicidade do Estado e da igualdade de todos os cidadãos independentemente da sua crença ou ausência de crença no sobrenatural;
- A despreconceitualização do ateísmo na legislação e nos órgãos de comunicação social;
- Responder às manifestações religiosas e pseudo-científicas com uma abordagem científica, racionalista e humanista.